Al salir del lujoso hotel MGM de Las Vegas , Nevada , tras contemplar el combate de boxeo entre Mike Tyson y Bruce Seldon, Tupac después montó junto a Suge Knight en un BMW 750 y salieron de allí a toda velocidad para evitar que los fans los acosaran. Yendo a una discoteca pararon cerca de la intersección entre East Flamingo Road y Koval Lane, cosa que también hizo un Cadillac blanco del cual se bajaron cuatro personas que los acribillaron a una distancia de unos cuatro metros. Seis de esos balazos impactaron en el cuerpo del rapero (varios de ellos en el pecho) y uno de ellos rozó la cabeza de Suge Knight, que conducía el coche. Era la noche del 7 de septiembre de 1996 .
Una semana más tarde, el 13 de septiembre 1996 , muere a las 16.03 a los 25 años en el hospital de la Universidad de Nevada a causa de 5 heridas de bala, causándole problemas cardiorrespiratorios. Este brutal asesinato se dijo que fue consecuencia de su enemistad con otros raperos de la costa este de estilo gangsta como Biggie Smalls " Notorious B.I.G. ". Biggie era gran amigo suyo pero tras lo sucedido, Tupac en su canción Hit'em up se mofó de él y admitió haberse acostado con su esposa (la cantante de R&B Faith Evans). También atacó a Mobb Deep , Chino XL, Bad Boy Records y a las madres de los mismos. En la canción "Live & Die In L.A", la víctima esta vez fue Snoop Dogg , al que dijo que era un pervertido y de Dr. Dre aseguró que haría la canción " California Love " sin 'el maricón de Dre' (palabras textuales de Pac). Otro que no se libró de las críticas de Tupac fue Jay-Z , al que llamó "hawaiian sophie fame".
La policía de Las Vegas y la de Compton, al parecer nunca resolvieron oficialmente el caso, y sólo concluyeron con que a Tupac le habían disparado miembros de la banda de los "Southside Crips". Horas antes Tupac se había visto envuelto en una pelea entre el séquito de Death Row y un "Southside Crip" llamado Orlando Anderson, en el vestuario ydel MGM después del combate de boxeo, algo que quedó reflejado en las cámaras de seguridad del hall de ese casino. El principal sospechoso de la muerte de Tupac era el propio Orlando Anderson, a quien dispararon de manera mortal el 29 de mayo de 1998 .
Una nota a tomar en cuenta, es que Tupac lanzó más canciones después de su muerte que estando en vida. Era extremadamente dedicado a su trabajo durante su corta carrera. Aún se lanzan nuevas canciones y remixes de su música. Según su amigo de banda Shock-G, Tupac muchas veces escribía hasta 3 canciones por día. Después de su muerte Tupac se convirtió en un símbolo del rap.
Muchas grabaciones de Tupac han sido editadas póstumamente, aunque hay dudas sobre si él habría pensado que mucho de ese material era digno de ser liberado. Los derechos de su música pertenecen a Amaru Entertainment , que es controlado por Afeni Shakur , su madre. Tupac Foundation tiene los derechos de autor, y además ha construido Tupac Amaru Shakur Center For The Arts en Stone Mountain, Georgia . En 2003 , Afeni lanzó "Makaveli Branded", una línea de ropa en la que los beneficios iban al centro.
